Située au sud-ouest du Bénin, Cotonou est la plus grande ville et le centre économique du pays; elle abrite la plupart des ministères et missions diplomatiques.
Cotonou est située sur la côte, entre le lac Nokoué et l'océan Atlantique. La lagune de Cotonou sépare la ville en deux.
Le Bénin jouit d'un climat équatorial alternant deux saisons des pluies, d' avril à juillet et de septembre à octobre, et deux saisons sèches. L'Harmattan, vent poussiéreux, souffle du désert en décembre et janvier. Les températures annuelles varient entre 18 et 35°C.
Le port autonome de Cotonou est l'un des ports les plus importants d'Afrique de l'Ouest. Les villes principales du pays - Parakou, Kandi, Natitingou, Djougou et Savé - sont accessibles facilement au départ de l'aéroport, et font de Cotonou un point central important pour le commerce de l'Afrique de l'Ouest.